保护性耕作易造成病虫害的蔓延，不利于作物的高产与优质，故免耕覆盖后的作物种子必须进行消毒处理。常用的消毒方法如下。

（1）温汤浸种 用较高的温度杀死种子表面和潜伏在种子内部的病菌，促进种子的萌发，应严格掌握浸种的时间和温度。

（2）石灰水浸种 利用石灰水膜使附在种子上的病菌窒息死亡，浸种时应注意不能破坏石灰水膜，以免空气进入而影响杀菌效果。

（3）药剂（浸）拌种 药剂拌种是用药剂来防治病虫害。播种前应根据不同作物的种子采用不同的药物拌种，且严格掌握药剂的浓度和时间。

（4）生长调节剂处理种子 生产中常用的调节剂有赤霉素、生长素以及矮壮素等，可根据不同的目标进行相应的操作，从而提高免耕覆盖下种子的发芽能力。

（5）种子包衣处理 将杀菌剂、杀虫剂、植物生长调节剂等非种子物质包裹在种子的外面，使种子成形，提高种子的抗病性，加快发芽，促进出苗，增加产量和提高品质。