长期栽培花卉的土壤，尤其是设施栽培的土壤，受温度高、湿度大、施肥量高、连作严重、排灌不配套等一系列栽培特点的影响，土壤环境发生不同程度的改变。其中对花卉影响最大的障害是土壤酸化、土壤盐渍化和连作障害等。

1.土壤酸化

土壤的pH低于6.0以下，对于绝大多数中性花卉都有不良影响，并出现酸害症状，使其商品价值降低。引起酸化的原因比较多，但最重要的是施肥不当。如常超量施用氮素化肥，过量施用酸性或生理酸性肥料，如氯化铵、硫酸铵、氯化钾等。一般土壤酸化程度越重，对中性或碱性花卉的危害越大。

2.土壤盐害

连年过量施用某种化肥，使土壤溶液中可溶性盐的浓度过高而使花卉受害，诱发生理干旱。

3.土壤连作障害

尤其是多年生花卉，由于同种花卉成长期吸收同种营养元素，就会造成土壤中某种营养元素的大量积累，而另一种营养元素特别缺乏，使土壤养分失去平衡，同时同种花卉根系分泌物相同，这些物质可能对某些有益微生物有抑制作用，而对某些有害微生物有促进作用，从而使土壤微生物失去平衡。导致多年连作的土壤传病严重，使花卉生长不良，出现缺素病或连作病害。